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成本估算是对项目投入的各种资源的成本进行估算，并编制费用估算书。要进行项目成本的估算，需要大量的数据资料，这些资料包括资源要求的品种和数量、每种资源的单价、每项资源占有的时间。
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成本估算主要靠分解和类推的手段进行，基本估算方法分为3类，分别是自顶向下的估算法、自底向上的估算法和差别估算法。
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这种方法的主要思想是从项目的整体出发，进行类推。即估算人员根据以前已完成项目所消耗的总成本（或总工作量），来推算将要开发的软件的总成本（或总工作量），然后按比例将它分配到各开发任务单元中去。
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自顶向下估算的主要优点是管理层会综合考虑项目中的资源分配，由于管理层的经验，他们能相对准确地把握项目的整体需要，能够把预算控制在有效的范围内，并且避免有些任务有过多的预算，而另外一些被忽视。自顶向下估算工作量小，速度快。
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自顶向下估算的主要缺点是如果下层人员认为所估算的成本不足以完成任务时，由于在公司地位的不同，下层人员有很可能保持沉默，而不是试图和管理层进行有效的沟通，讨论更为合理的估算，默默地等待管理层发现估算中的问题再自行纠正。这样会使项目的执行出现困难，甚至是失败。自顶向下估算对项目中的特殊困难估计不足，估算出来的成本盲目性大，有时会遗漏被开发软件的某些部分。
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虽然这样的估算被广泛地采用，但是信息系统项目本身的不确定性和高度的定制化性使得在信息系统项目中，自顶向下的成本估算往往很不准确。由于技术的发展和客户的需求各不相同，许多信息系统项目根本没有以前的项目例子作为估算的参考。
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自底向上估算的主要思想是把待开发的软件细分，直到每一个子任务都已经明确所需要的开发工作量，然后把它们加起来，得到软件开发的总工作量。这是一种常见的估算方法。
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自底向上的估算的主要优点是在任务和子任务上的估算更为精确，这是由于项目实施人员更了解每个子任务所需要的资源。这种方法也能够避免项目实施人员对管理层所估算值的不满和对立。缺点是缺少各项子任务之间相互联系所需要的工作量，还缺少许多与软件开发有关的系统级工作量（配置管理、质量管理、项目管理）。所以往往估算值偏低，必须用其他方法进行检验和校正。
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自底向上估算精确的前提条件是项目实施人员对所做的子任务的了解和精通上。这种方式的估算的关键是要保证所有的项目任务都要涉及，这一点也相当困难。另外，由于进行估算的项目实施人员会认为管理层会按照比例削减自己所估算的成本需要，或者出于安全的估计，他们会高估自己任务所需要的成本，而这必然导致总体成本的高估。管理层会认为需要削减，削减证实了估算人员的估计，这样，所有的项目估算参与人员就陷入了一个怪圈。
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这种方法综合了上述两种方法的优点，其主要思想是把待开发的软件项目与过去已完成的软件项目进行类比，从其开发的各个子任务中区分出类似的部分和不同的部分。类似的部分按实际量进行计算，不同的部分则采用相应的方法进行估算。这种的方法的优点是可以提高估算的准确程度，缺点是不容易明确“类似”的界限。
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