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EAI从不同的角度可有不同的分类方法。从应用集成的对象来划分，可以分为面向数据的集成和面向过程的集成；从应用集成所使用的工具和技术来划分，则可以分为平台集成、数据集成、组件集成、应用集成、过程集成和业务对业务的集成六类；如果从企业组织的角度，EAI又可分为水平的组织内的集成、垂直的组织内的集成和不同组织间系统的集成。
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对于众多的分类方法，我们可以从广度和深度将其总括起来。从集成的深度上来说则从数据集成、应用系统的集成再到目前的面向过程的集成，集成的难度和能够取得的效益都是不同的；而从广度上来讲，从最初的部门内集成到部门间集成，及到企业范围内和企业间的集成。但不管如何分类，企业应用集成的目的都是实现在企业内外任何相连的应用系统和数据源间无限制的分享数据和业务过程。
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（1）数据集成。为了完成应用集成和业务过程集成，必须首先解决数据和数据库的集成问题。在集成之前，必须首先对数据进行标识并编成目录，另外还要确定元数据模型。这三步完成以后，数据才能在数据库系统中分布和共享。
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（2）应用系统集成。为两个应用中的数据和函数提供接近实时的集成。例如，在一些B2B集成中用来实现CRM系统与企业后端应用和Web的集成，构建能够充分利用多个应用系统资源的电子商务网站。
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（3）业务流程集成。当对业务过程进行集成的时候，企业必须在各种业务系统中定义、授权和管理各种业务信息的交换，以便改进操作、减少成本、提高响应速度。业务过程集成包括业务管理、进程模拟以及综合任务、流程、组织和进出信息的工作流，还包括业务处理中每一步都需要的工具。
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④与有稳定关系的合作伙伴之间的信息系统实现面向业务过程的集成。
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⑤与随机遇到的合作伙伴之间的信息系统实现面向业务过程集成。
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