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活动目录的物理结构与逻辑结构是两个不同的概念，逻辑结构用于网络资源的管理，而物理结构则用来设置和管理网络流量，活动目录的物理结构由域控制器和站点组成。
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域控制器是实际存储活动目录的数据库，用来管理用户登录、验证和目录搜索的任务。域控制器中包含了由这个域的账户、密码、属于这个域的计算机等信息构成的数据库。当计算机联入网络时，域控制器首先要鉴别这台计算机是否属于这个域，用户使用的登录账号是否存在、密码是否正确。如果以上信息有一样不正确，那么域控制器就会拒绝这个用户从这台计算机登录。不能登录到域控制器，用户就不能访问服务器上有权限保护的资源，而只能以对等网用户的方式来访问Windows共享出来的资源，这样就在一定程度上保护了网络上的资源。
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在Windows Server 2008 R2中采用活动目录的多主复制方式，即每台域控制器都维护着活动目录的读／写的副本，管理其变化和更新。在一个域中各域控制器之间相互复制活动目录部分。在一个目录林中，各域控制器之间把某些信息自动复制给对方。
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站点由一个或多个高速连接的IP子网构成，这些子网通过高速网络设备连接在一起；站点是网络的物理结构，站点和域没有必然联系，一个站点可包含多个域，一个域也可跨多个站点；创建站点的主要理由是为了优化复制流量和使用户能够用可靠的高速线路连接到域控制器。
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