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系统集成是多媒体应用系统的生成阶段，也称程序设计阶段。这一阶段的主要任务是使用合适的多媒体创作工具，按照制作脚本的具体要求把制作好的各种素材有机地组织到相应的信息单元中，形成一个具有特定功能的完整系统。
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在生成多媒体应用系统时，如果采用程序编码设计，则首先要选择功能强、可灵活进行多媒体应用设计的编程语言和编程环境，如Visual Basic、Visual C++和Java等。
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由于在制作多媒体应用系统时要很好地解决多媒体压缩、集成、交互及同步等问题，编程设计不仅复杂，而且工作量大，因此多媒体创作工具应运而生。各种创作工具虽然功能和操作方法不同，但都有操作多媒体信息进行全屏幕动态综合处理的能力。根据现有的多媒体硬件环境和应用系统设计要求，选择适宜的创作工具可以高效、方便地进行多媒体编辑集成和系统生成工作。
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系统集成与素材制作这两个阶段会分别完成各自不同的任务，必须先制作素材，才能进行集成。但在实际制作中，这两个过程往往不能截然分开。有时在系统集成阶段会发现事先准备的素材并不十分理想，需要进行修改或重新选择；有时为了取得更好的听觉与视觉效果，还需要对素材做进一步的艺术加工。通常在有了软件脚本以后，素材的制作和系统的集成才可以同步进行。
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