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课件的设计是多媒体课件制作的核心部分，只有设计合理，才能促进学生学习，达到辅助教学的目的。课件设计主要包括教学设计、脚本设计、人机界面设计、结构设计等。
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教学设计是课件开发过程中最能体现教师教学经验和教师个性的部分，也是教学思想最直接和具体的表现。该阶段的主要任务包括详细分析教学内容、划分教学单元、选择适当的教学模式等。
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教学内容分析指根据前述确定的教学目标具体划分出教学内容的范围，揭示教学内容各组成部分之间的联系。
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根据教学内容将课程教材按段落和时间分成若干课时，此即课时分配。因为在多媒体教学过程中不再考虑黑板书写及教师的思考等时间，所以多媒体教学的每课时间应比传统的课堂教学课时短一些。接着，把每课内容按单纯的教学目的划分成若干个相对独立的小块，一个小块就是一个教学单元。教学单元划分的依据是教学大纲，应当仔细地分析教材和参考书，把教学目标逐步演化成一系列的教学单元，并根据教学内容的难易程度和知识体系情况，选择控制教学单元前进的策略，即确定课件的结构方式。
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上述一个教学单元的功能就是进行一小段相对独立的教学活动。一般说来，在一个教学单元中主要进行一个新概念或一个知识点的教学，然后从学生那里取得回答信息，并对回答做出反馈。为此，需要具体确定要传授的教学内容，详细规定呈现教学内容的信息形式、向学生提出的问题，以及对学生回答问题的各种可能答案做出预计并准备相应的反馈信息。
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一般说来，个别指导型模式主要适用于呈现信息和引导学习两个阶段；操练与练习型模式适用于练习和评价阶段；模拟型模式则适用于上述四个阶段的任意组合；教学游戏模式主要用于练习阶段；问题求解模式通常适用于呈现信息、引导学习以及练习这三个阶段。一般地，也可以在一个教学单元中同时采用多种教学模式的有机结合，从而适应不同的教学需要。
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脚本的总体设计是对整个课件的版面、图形文字、内容呈现方式、颜色和音乐等项目进行整体规划和设计。根据课件的目标、学生的特点和教学内容的需要提出设计的标准、原则和方向，以保证课件中各媒体要素具有一致的内部设计，如屏幕中的字体、字型要协调一致，音频、视频、图像和动画等也应和画面主题一致。
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脚本的具体设计是根据总体设计所确定的原则和标准进行有关屏幕细节的设计，并通过脚本卡片给予准确的描述。这一工作通常也称屏幕设计。多媒体课件的屏幕设计应该做到布局合理、整洁美观、生动形象、符合教与学的需要。
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人机界面设计的首要原则就是以用户为中心，也就是要求方便用户操作，整体界面应具有一致性、容错性和兼容性。多媒体课件中能进行人机交互作用的方式主要有菜单、按钮、图标、窗口和对话框等。
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多媒体课件的结构规定了教学软件中各部分教学内容的相互关系及呈现的形式，它反映了教学软件的主要框架及其教学功能，多媒体课件的系统结构大多采用非线性的超媒体结构，在此基础上形成了以下四种组织结构方式。
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①线性结构：学生顺序地接收信息，从当前帧到下一帧，是一个事先设置好的序列。
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②树状结构：学生沿着一个树状分支展开学习活动，该树状结构按教学内容的自然逻辑形成。
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③网状结构：多媒体课件的网状结构是超文本结构，学生可在内容单元之间自由航行，没有预设路径的约束。
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④复合结构：学生可以在一定范围内自由地航行，但同时受主流信息的线性引导和分层逻辑组织的影响。
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