| （1）付款人向付款人银行发出支付指令，这是跨行电子支付的第一步。支付指令可以纸质形式作出，如填写付款人银行的格式单据，也可以电子形式作出。当前银行电子化的趋势是以电子形式发出支付指令，即付款人通过特定的终端设备（如支付密码器、计算机等）形成支付指令，进行签名和加密后传送至付款人银行。付款人银行接收支付指令后，对支付密文进行解密和验证。
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| （2）付款人银行接受支付指令后，即按指令指定的金额借记付款人的账户，然后根据付款人的支付指令签发一项电子支付指令，通过中介银行提供的通信系统传输至中介银行。
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| （3）中介银行接受付款人银行的支付指令后，将支付金额借记付款人银行账户，同时贷记受款人银行账户，然后向受款人银行发出电子支付指令。
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| （4）受款人银行接受支付指令后，即将支付金额贷记受款人账户并向受款人发出收账通知。若受款人没有银行账户，则向受款人发出取款通知。银行通知签发后，整个电子资金划拨过程结束。
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| 在上述整个资金支付过程中，电子支付指令的传输完全是密文传输，以保证支付安全，并且多数环节是电子划拨系统自动化处理，因此电子资金划拨安全即时，是处理大额款项支付的理想方式。
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