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信息系统设计是开发阶段的重要内容，其主要任务是从信息系统的总体目标出发，根据系统逻辑功能要求，并结合经济、技术条件、运行环境和进度等要求，确定系统的总体架构和系统各组成部分的技术方案，合理选择计算机、通信及存储的软硬件设备，制订系统的实施计划。
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.系统总体设计：包括系统的总体架构方案设计、软件系统的总体架构设计、数据存储的总体设计、计算机和网络系统的方案设计等。
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.系统详细设计：包括代码设计、数据库设计、人机界面设计、处理过程设计等。
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系统架构是将系统整体分解为更小的子系统和组件，从而形成不同的逻辑层或服务，然后进一步确定各层的接口，层与层相互之间的关系。
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对整个系统的分解，既需要进行“纵向”分解，也需要对同一逻辑层进行“横向”分解，系统的分解可参考“架构模式”进行。系统的选型主要取决于系统架构。
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在系统设计中进行设备、DBMS及技术选型时，不仅要考虑系统的功能要求，还要考虑系统实现的内外环境和主客观条件。在选型时，需要权衡各种可供选择的计算机硬件技术、软件技术、数据管理技术、数据通信技术和计算机网络技术及相关产品；同时也要考虑用户的使用要求、系统运行环境、现行的信息管理和信息技术标准、规范和有关法律制度等。
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