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（1）配置困难。因为包过滤防火墙很复杂，人们经常会忽略建立一些必要的规则，或错误配置了已有的规则，在防火墙上留下漏洞。然而在市场上，许多新版本的防火墙对这个缺点正在作改进，如开发者实现了基于图形化用户界面的配置和更直接的规则定义。
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（2）为特定服务开放的端口存在着危险，可能会被用于其他传输。例如，Web服务器默认端口为80，当计算机上又安装了RealPlayer，软件会自动搜寻可以允许连接到RealAudio服务器的端口，而不管这个端口是否被其他协议所使用，这样无意中RealPlayer就利用了Web服务器的端口。
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（3）可能还有其他方法绕过防火墙进入网络，如拨入连接。但这个并不是防火墙自身的缺点，而是不应该在网络安全上单纯依赖防火墙的原因。
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总的来说，包过滤路由器有维护困难、不支持用户鉴别的缺点。
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