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DSS基本结构主要由四个部分组成，即数据部分（数据库子系统）、模型部分（模型库子系统）、推理部分和人机交互部分（对话管理子系统）。
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数据库子系统是存储、管理、提供与维护用于决策支持的数据的DSS基本部件，是支撑模型库子系统及方法库子系统的基础。数据库子系统由数据库、数据析取模块、数据字典、数据库管理系统及数据查询模块等部件组成。
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模型库子系统是构建管理模型的计算机软件系统，它是DSS中最复杂、最难实现的部分。DSS用户是依靠模型库中的模型进行决策的，因此，DSS是由模型驱动的。应用模型获得的输出结果可以分别起到以下三种作用：直接用于制定决策；对决策的制定提出建议；用来估计决策实施后可能产生的后果。模型库子系统主要由模型库与模型库管理系统两大部分组成。
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推理部分由知识库（方法库）、知识库管理系统和推理机组成，知识库内存储的方法程序一般有排序算法、分类算法、最小生成树算法、最短路径算法、计划评审技术、线性规划、整数规划、动态规划、各种统计算法、各种组合算法等。
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人机交互部分是决策支持系统的人机交互界面，用以接收和检验用户请求，调用系统内部功能软件为决策服务，使模型运行、数据调用和知识推理达到有机的统一，有效地解决决策问题。
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把数据仓库、联机分析处理、数据挖掘、模型库、数据库、知识库结合起来形成的决策支持系统，即将传统决策支持系统和新决策支持系统结合起来的决策支持系统是更高级形式的决策支持系统，成为综合决策支持系统（Synthetic Decision Support System, SDSS）。综合决策支持系统发挥了传统决策支持系统和新决策支持系统的辅助决策优势，实现更有效的辅助决策，是今后的发展方向。
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