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项目出现成本偏差，意味着原来的成本预算出现了问题，已完成工作的预算成本和实际成本不相符。这必然会对项目的总体实际成本带来影响，这时候需要重新估算项目的成本。这个重新估算的成本也称为最终估算成本（Estimate at Completion, EAC），也称为完工估算。有3种再次进行预算的方法。
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第一种是认为项目日后的工作将和以前的工作效率相同，未完成的工作的实际成本和未完成工作预算的比例与已完成工作的实际成本和预算的比率相同。
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其中BAC为完成工作预算（Budget at Completion），即整个项目的所有阶段的预算的总和，也就是整个项目成本的预算值。
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第二种是假定未完成的工作的效率和已完成的工作的效率没有什么关系，对未完成的工作，依然使用原来的预算值，那么，对于最终估算成本就是已完成工作的实际成本加上未完成工作的预算成本：
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EAC=ACWP+BAC-BCWP=AC+BAC-EV
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第三种方法是重新对未完成的工作进行预算工作，这需要一定的工作量。当使用这种方法时，实际上是对计划中的成本预算的否定，认为需要进行重新的预算。
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这里举一个非常简单的例子。软考在线教育网在线测试项目涉及对10个函数代码的编写（假设每个函数代码的编写工作量相等），项目由2个程序员进行结对编程，计划在10天内完成，总体预算是1000元，每个函数的平均成本是100元。项目进行到了第5天，实际成本是400元，完成了3个函数代码的编写。根据这些信息，我们可以计算在第5天项目的各种指标数据如下：
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已完成工作的预算成本：BCWP=3×100=300元。
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成本偏差：CV=BCWP-ACWP=300-400=-100元。
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进度偏差：SV=BCWP-BCWS=300-500=-200元。
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成本绩效指数：CPI=BCWP/ACWP=300/400=0.75。
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从指标数据可以看出，这个项目如同许多信息系统项目一样，不但进度落后，而且成本超支。这时候，为了降低项目成本，可以采用把结对编程改为由单个程序员编写代码，降低程序员工资等措施来降低成本。对于剩下的工作的成本预算，三种方法得出的结论也各不相同：
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EAC=（ACWP/BCWP）×BAC=（400/300）×1000=1333元
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如果认为剩下工作的效率和已完成的工作效率无关，则：
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EAC=ACWP+（BAC-BCWP）=400+（1000-300）=1100元
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如果重新对剩下的工作进行预算时，如果项目组使用了代码生成工具，可以极大地提高效率，减少人工成本，使得每个函数代码的成本预算有望降为70元，则新的预算为：
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EAC=ACWP+未完成工作新的成本估算值=400+7×70=890元
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