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系统的安全涉及两类问题：一类涉及技术、管理、法律、道德和政治等问题；另一类涉及操作系统的安全机制。
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一般从4个级别上对文件进行安全性管理，即系统级、用户级、目录级和文件级。
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（1）系统级安全管理的主要任务是不允许未经授权的用户进入系统，从而也防止了他人非法使用系统中的各类资源（包括文件）。系统级管理的主要措施有注册与登录。
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（2）用户级安全管理是对通过分类的所有用户和对指定的用户分配访问权。不同的用户通过对不同文件设置不同的存取权限来实现安全管理。有的系统将用户分为超级用户、系统操作员和一般用户。
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（3）目录级安全管理是为了保护系统中各种目录而设计的，与用户权限无关。为保证目录的安全，规定只有系统核心才具有写目录的权利。
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（4）文件级安全管理是通过系统管理员或文件主对文件属性的设置来控制用户对文件的访问。通常可设置的属性有只执行、隐含、只读、读写、共享、系统。
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文件系统的可靠性是指系统抵抗和预防各种物理破坏和人为破坏的能力。如果文件系统被破坏了，在很多情况下是无法恢复的。
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文件系统中无论是硬件还是软件都会发生损坏和错误，为了使文件系统万无一失，应当采用相应的措施。最简单和常用的措施是通过转储操作，制作文件或文件系统的多个副本。这样一旦系统出现故障，利用转储的数据可使系统恢复成为可能。常用的转储方法有静态转储和动态转储、海量转储和增量转储。
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在计算机系统工作的过程中，操作系统把用户对文件的插入、删除和修改的操作写入日志文件。一旦发生故障，操作系统的恢复子系统就利用日志文件来进行系统故障恢复，并可协助后备副本进行介质故障恢复。
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影响文件系统可靠性因素之一是文件系统的一致性问题。很多文件系统是先读取磁盘块到主存，在主存进行修改，修改完毕再写回磁盘。但如果读取某磁盘块，修改后再将信息写回磁盘前系统崩溃，则文件系统就可能会出现不一致性状态。如果这些未被写回的磁盘块是索引节点块、目录块或空闲块，那么后果是不堪设想的。通常解决方案是采用文件系统的一致性检查，包括块的一致性检查和文件的一致性检查。
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