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信息系统工程的研究是一个多学科领域，主要涉及计算机科学、运筹学、管理科学、社会学、心理学以及政治学等。由于信息系统是一个社会技术系统，因此，信息系统工程的研究方法不能仅限于工程技术方法。目前，信息系统工程的研究方法分为技术方法、行为方法和社会技术系统方法。
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技术方法重视研究信息系统规范的数学模型，并侧重于系统的基础理论和技术手段。支持技术方法的学科有计算机科学、管理科学和运筹学。计算机科学涉及计算理论、计算方法和高效的数据存储和访问方法；管理科学着重于管理方法和决策过程的模型的建立；运筹学则强调优化组织的已选参数（如运输，库存控制和交易成本）的数学方法。
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行为方法的重点一般不在技术方案上，它侧重在态度、管理和组织政策、行为方面。许多行为问题，如系统的使用程度、实施和创造性设计、不能用技术方法中采用的规范的模型表达。
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社会技术系统方法从总体和全面的角度把握信息系统工程。从数据处理系统到管理信息系统再到决策支持系统，信息系统的开发是把计算机科学、数学、管理科学和运筹学的理论研究工作和应用的实践结合起来，并注重社会学、心理学的理论与实践成果。因此，从单一的视角（如技术方法或行为方法）不能有效地把握信息系统的实质，而社会技术系统方法有助于避免对信息系统采取单纯的技术或行为看法。
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