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系统设计的内容和任务因系统目标的不同和处理问题不同而各不同，但一般而言，系统设计包括总体设计（也被称为概要设计）和详细设计。在实际系统设计工作中，这两个设计阶段的内容往往是相互交叉和关联的。
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总体设计也被称为概要设计，是系统开发过程中关键的一步。系统的质量及一些整体特性基本上是由这一步的成果所决定的。总体设计的主要任务是完成对系统总体结构和基本框架的设计。系统总体结构设计包括两方面的内容，系统总体布局设计和系统模块化结构设计。
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系统总体布局方案包括系统网络拓扑结构设计和系统资源配置设计方案。
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总体设计只是为整个信息系统提供了一个设计思路和框架，框架内的血肉需要系统的设计人员在详细设计这个阶段充实。总体设计完成后，设计人员要向用户和有关部门提交一份详细的报告，说明设计方案的可行程度和更改情况，得到批准后转入系统详细设计。详细设计阶段主要是在总体设计的基础上，将设计方案进一步详细化、条理化和规范化，为各个具体任务选择适当的技术手段和处理方法。系统的详细设计一般包括如下。
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代码设计就是信息分类和编码的工作，是将系统中有某些共同属性或特征的信息归并在一起，并利用便于计算机和人识别和处理的符号来表示这些信息的设计工作。
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数据库设计就是构建既能客观、准确地反映外部世界，又便于人类大脑认识的概念模型，并在此基础上对数据进行建模，转化为数据库管理系统所支持的数据模型；选择合适的存储结构和存储方法，最终完成数据库的设计工作。
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输入／输出设计主要是对以记录为单位的各种输入输出报表格式的描述。另外，对人机对话格式的设计和输入输出装置的选择也在这一步完成。
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用户界面设计是指在用户与系统之间架起一座桥梁。主要内容包括：定义界面形式；定义基本的交互控制形式；定义图形和符号；定义通用的功能键和组合键的含义及其操作内容；定义帮助策略，等等。
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总体设计将系统分解为许多模块，并基本决定了每个模块的功能和界面。处理过程设计则定义每个模块的内部执行过程，包括数据的组织、控制流、每一步的具体加工要求和实施细节。通过处理过程设计，为编写程序制定一个周密的计划。一般来说，每一个功能模块都应设计一个处理流程。
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详细设计完成以后，也需要编制系统设计文档，主要工作包括系统标准化设计、描述系统设计结果、拟定系统实施方案。
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系统标准化设计是指各类数据编码、数据库（文件）和功能模块的命名要有相应规则，符合标准化的要求。另外，为了保证系统安全可靠的运行，还要对数据进行保密设计和可靠性设计。
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描述系统设计的结果是编制系统设计说明书、程序设计说明书、系统测试说明书以及各种设计图表等，并将它们汇集成册，交给有关人员和部门审核批准。
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拟定系统实施方案是在系统设计结果得到有关人员和部门认可之后，拟定系统实施计划，详细确定实施阶段的工作内容、时间和具体要求。实施方案得到批准后，就可以正式转入系统实施阶段。
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