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系统切换后可开始投入运行，系统运行包括系统的日常操作、维护等。任何一个系统都不是一开始就很好的，总是经过多重的开发、运行、再开发、再运行的循环不断上升的。开发的思想只有在运行中才能得到检验，而运行中不断积累问题是新的开发思想的源泉。
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目前我国不够重视运行，运行组织不健全，运行组织级别不够高。随着信息作用的增加，现在国外企业中信息系统的地位越来越高，信息系统的组织也越来越健全和庞大。从信息系统在企业中的地位看，有以下几种形式：
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①为企业的某个业务部门所有。这种运行组织方式是一种古老的组织方式，信息管理部门为企业的某个业务单位所有。它使得信息不能成为全企业的资源，只能为其他单位提供计算能力，地位太低。
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②与企业的部门平行。信息资源可为全企业共享，各单位使用权限相同，信息处理支持决策的能力较弱。
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③作为企业的参谋中心。这种组织方式有利于信息共享和支持决策，但容易造成脱离群众、服务不好的现象。现在的发展趋势是集散系统，既有全公司的信息中心又在使用计算机较多的部门配置微机。它实际是前两种方式的结合，但一定要加强信息资源管理，否则容易造成分散化。
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系统运行管理制度是系统管理的一个重要内容。它是确保系统按预定目标运行并充分发挥其效益的一切必要条件、运行机制和保障措施。通常它应该包括：
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①系统运行的组织机构。它包括各类人员的构成、各自职责、主要任务和管理内部组织结构。
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②基础数据管理。它包括对数据收集和统计渠道的管理、计量手段和计量方法的管理、原始数据管理、系统内部各种运行文件、历史文件（包括数据库文件）的归档管理等。
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③运行制度管理。它包括系统操作规程、系统安全保密制度、系统修改规程、系统定期维护制度以及系统运行状态记录和日志归档等。
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④系统运行结果分析。分析系统运行结果得到某种能够反映企业组织经营生产方面发展趋势的信息，用以提高管理部门指导企业的经营生产的能力。
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系统维护是指在信息系统交付使用后，为了改正错误或满足新的需要而修改系统的过程。
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信息系统是一个复杂的人机系统，系统内外环境以及各种人为的、机器的因素都在不断地变化。为了使系统能够适应这种变化，充分发挥软件的作用，产生良好的社会效益和经济效益，就要进行系统维护的工作。
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另外，大中型软件产品的开发周期一般为一至三年，运行周期则可达五至十年，在这么长的时间内，除了要改正软件中残留的错误外，还可能多次更新软件的版本，以适应改善运行环境和加强产品性能等需要，这些活动也属于维护工作的范畴。能不能做好这些工作，将直接影响软件的使用寿命。
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维护是信息系统生命周期中花钱最多、延续时间最长的活动。有人把维护比成“墙”或“冰山”，以形容它给软件生产所造成的障碍。不少单位为了维护已有的软件，竟没有余力顾及新软件的开发。近年来，从软件的维护费用来看，已经远远超过了系统的软件开发费用，占系统硬、软件总投资的60%以上。典型的情况是，软件维护费用与开发费用的比例为2:1，一些大型软件的维护费用甚至达到了开发费用的40至50倍。
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一个系统的质量高低和系统的分析、设计有很大关系，也和系统的维护有很大关系。在维护工作中常见的绝大多数问题，都可归因于软件开发的方法有缺点。在软件生存周期的头两个时期没有严格而又科学的管理和规划，必然会导致在最后阶段出现问题。下面列出维护工作中常见的问题：
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①理解别人写的程序通常非常困难，而且困难程度随着软件配置成分的减少而迅速增加。如果仅有程序代码而没有说明文档，则会出现严重的问题。
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②需要维护的软件往往没有合适的文档，或者文档资料显著不足。认识到软件必须有文档仅仅是第一步，容易理解的并且和程序代码完全一致的文档才真正有价值。
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③当要求对软件进行维护时，不能指望由开发人员来仔细说明软件。由于维护阶段持续的时间很长，因此，当需要解释软件时，往往原来写程序的人已不在附近了。
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④绝大多数软件在设计时没有考虑将来的修改。除非使用强调模块独立原理的设计方法，否则修改软件既困难又容易发生差错。
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上述种种问题在现有的没采用结构化思想开发出来的软件中，都或多或少地存在着。使用结构化分析和设计的方法进行开发工作可以从根本上提高软件的可维护性。
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