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当系统开发完成并交付到实际生产环境中使用时，就进入运行。系统运行管理是确保系统安装目标运行并充分发挥其效益的一切必要条件、运行机制和保障措施，通常有系统运行的组织机构、基础数据管理、运行制度管理和系统运行结果分析等。
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（1）系统运行情况记录。对系统日常运行情况的记录是对系统软硬件及数据等的运行情况做记录。应事先制定登记格式和登记要点。人工记录的系统运行情况和系统自动记录的运行信息，都应该作为基本的系统文档按照规定的期限保管。这些信息对系统问题的分析与解决有重要参考价值。
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（2）审计追踪。审计追踪是指系统中设置了自动记录功能，能通过自动记录的信息发现或判明系统的问题和原因。一般要每日进行，并对主要技术要有对应的审查机制。在审计追踪系统中，建立审计日志。系统管理员可以通过日志了解到有哪些用户在什么时间、以什么样的身份登录到系统，对特定文件和数据进行的操作。
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大多数的操作系统和数据库都提供了追踪和自动记录功能，一些数据库系统中还提供审计追踪数据字典，使用者可以用预先定义的审计追踪数据字典视图来观察审计追踪数据，也可以由程序根据事先定义的规则对审计内容进行自动审计。审计内容可以从语句、特权和对象等方面进行设定。
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（3）审查应急措施的落实。针对意外事件可能对系统引起的损害，首先要制定应付突发性事件的应急计划，每日审查应急措施的落实情况，仔细审查相应器材和设备是否良好，资源是否做好了备份等。
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资源备份包括数据备份和设备备份。数据备份是必须要做的，在关键的领域，还必须进行设备备份。应将备份文件复制到远离主机或文件中新的其他主机或者存储库中，保证备份文件存放在同一突然性事件意想不到的地方。
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（4）系统资源管理。在维护系统正常运行的过程中，还应对所使用的相关资源进行管理，对不能充分满足用户需求的资源，一般可采用收费的方法来控制。
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（5）系统软件及文档管理。系统软件的管理除日常维护外，还包括版本的更新和升级等。
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