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从程序设计的角度看，多媒体应用系统设计仍然属于计算机应用软件设计的范畴。因此可以使用软件工程开发方法进行设计，包括原型实现模型、瀑布模型、面向对象模型等。软件中包括的媒体信息类型多种多样，无论是在技术上还是管理上都具有其特殊性。多媒体应用系统的设计首先应该遵循一般应用软件的开发步骤和开发方法。
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与一般的应用系统设计相比，多媒体应用系统的设计与制作有以下特殊的地方。
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对于一般的信息系统，可能只需要具有系统分析和程序设计能力的程序设计者就可以全面完成。因为完成这些工作所需要的知识大部分属于计算机程序开发和设计领域。在多媒体应用系统的设计中，媒体的多样性要求系统的设计者不仅是普通的计算机程序设计员，还必须具有设计策划、美工创作、音乐设计、动画制作、摄影摄像、文字写作等多方面的知识与能力。或者说在设计队伍中，必须包括上述多种专业类型的人才，通过各类人员的有机结合与通力合作才能开发出高质量的多媒体产品。
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多媒体应用系统所需要的开发工具比开发普通的应用系统多得多。除了一般的应用工具之外，还涉及各种媒体素材的采集和预加工，如各种图形的绘制、照片的拍摄与扫描、图像的处理、声音的录制与编辑、录像片的剪辑、特技效果的产生等，这些都需要用到能够对音频、图像、视频等非文本类媒体进行输入、输出及编辑处理的专用设备和工具软件。
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由于所设计的系统具有表演的特性，所以其开发过程在很多方面更类似于影视片的拍摄与制作，并且特别强调系统的创意。对于多媒体应用系统来说，程序的流程基本上没有具体的限制，设计者可以尽量发挥自己的想象力，考虑如何突出系统所要表现的主题、如何逻辑地组织素材与版面布局、如何吸引用户的注意力等。从某种意义上说，多媒体应用系统的创意决定了多媒体产品的生命力。
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由此可见，设计与开发多媒体应用系统要比设计与开发一般的管理信息系统复杂得多，当然也有趣得多。系统设计还包括结构设计、脚本设计、创意设计、人机界面设计等。
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