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多媒体课件的结构规定了教学软件中各部分教学内容的相互关系及呈现的形式，它反映了教学软件的主要框架及其教学功能，多媒体课件的系统结构大多采用非线性的超媒体结构，在此基础上形成了以下四种组织结构方式。
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①线性结构：学生顺序地接收信息，从当前帧到下一帧，是一个事先设置好的序列。
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②树状结构：学生沿着一个树状分支展开学习活动，该树状结构按教学内容的自然逻辑形成。
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③网状结构：多媒体课件的网状结构是超文本结构，学生可在内容单元之间自由航行，没有预设路径的约束。
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④复合结构：学生可以在一定范围内自由地航行，但同时受主流信息的线性引导和分层逻辑组织的影响。
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