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在系统转换过程中，尤其是在长时间的平行转换过程中，新系统运行时难免会出现一些局部性的问题，系统用户也会逐渐发现新系统的一些错误和功能的缺陷，这些都是正常现象。系统工作人员对此应有足够的准备，并做好记录。如果系统只是出现局部性问题，说明系统是成功的，反之，如果出现致命的问题，则说明系统设计质量不好，整个系统甚至可能需要重新设计。
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对于新系统运行中出现的问题，应当以系统分析中确定的系统目标来衡量是否需要对系统进行修改，这时不管是用户还是系统开发者都必须采取谨慎态度。对于系统中的错误和漏洞一般是必须要进行修改的，而且一般工作量也不会太大。但是如果用户提出要补充新的功能，如增加某些新的查询和报表功能，这种要求往往已经超越了系统目标和系统总体设计方案的范围。如果改动的工作量不大，则可以考虑进行必要的改动，及时满足用户的要求；而如果改动的工作量很大，甚至需要重新从系统分析或设计做起，那么最好是先把这些要求记录下来，留待下一个系统开发周期去进行扩展升级。事实上，各种新的要求在系统投入运行后就会不断地被提出来，如果每提一个新要求就进行一次修改，那么新系统将永远无法正式投入运行使用。
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在新系统投入运行时，应该理解和允许系统中存在某些不足，并且在运行过程中不断积累经验，发现新的问题，然后通过系统维护和系统更新来逐步解决这些问题，使系统逐步完善起来。
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