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电子支付系统是客户、商家和金融机构之间使用安全电子手段交换商品或服务从而实现电子支付的系统，是融购物流程、支付工具、安全技术、认证体系、信用体系以及现在的金融体系为一体的综合系统。其构成主要有：
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（1）银行。在电子商务中，银行作为连接生产企业、商业企业和消费者的纽带，起着至关重要的作用。银行可分为客户开户行（发卡行）与商家开户行（收单行）：客户开户行是指客户在其中拥有账户的银行，客户所拥有的支付工具就是出开户行提供的，客户开户行在提供支付工具的同时也提供了一种银行信用，即保证支付工具的兑付。商家开户行是商家在其中开设账户的银行，其账户是整个支付过程中资金流向的地方，商家待客户的支付指令提交给其开户行后，就由开户行进行支付授权的请求以及银行间的清算等工作。
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（2）客户。客户是指与某商家有交易关系并存在未清偿的债务关系的一方，即付款人。客户用自己拥有的支付工具来发起支付，是支付体系运作的原因和起点。付款人在不同的电子支付形态下有不同的称谓，如在POS系统的电子支付中称为持卡人，在电子现金支付系统中称为支付人或电子货币使用者，在跨行大额电子支付中有时被称为发端人。
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（3）商家。商家则是拥有债权的商品交易的另一方，即受款人。他可以根据客户发起的支付指令向金融体系请求获取货币给付，支付资金一旦为其所有或在法律上为其控制，则电子支付的目的达到，支付流程一般也因此结束。商家一般准备了优良的服务器来处理这一过程，包括认证以及不同支付工具的处理。
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（4）支付网关。为了保证金融安全，银行的业务系统大都建立在封闭的安全数据网络之上，即金融专用网。金融专用网是银行内部及银行间进行通信的网络，资金的交割与清算都是在这个专有网络上进行的，具有较高的安全性。例如人民银行电子联行系统、工商银行电子汇兑系统、银行卡授权系统等。在电子支付中，如果资金从开放的因特网进入这一封闭的付款系统，中间必须有一套安全的软件把从因特网上传来的信息翻译成后端系统所能接收的信息，以使两套互不兼容的信息模式在切换时安全性得到保证。这一套安全的软件就是支付网关。
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（5）认证机构。认证机构是负责为参与商务活动的各方发放数字证书，以确认各方的身份，保证电子商务支付安全性的机构。在电子商务交易中，无论数字时间戳服务，还是数字证书的发放，都需要有一个具有权威性和公证性的第三方来完成。
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认证机构以独立于认证用户（商家和消费考）和参与者（检验和使用证书的相关方）的第三方身份证明网上活动的合法有效性，其本身不从事商业业务，不进行网上采购和消费活动，并受国家政府部门的监督和管理。认证机构具有独立法人地位，是承担网上安全电子交易认证服务、颁发数字证书，并能确认用户身份的服务机构。其主要的任务是受理数字凭证的申请、签发数字证书，以及对数字证书进行管理。认证用户自愿向认证机构申请认证证书以开展电子商务活动。
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（6）信用卡公司。信用卡业务作为较早出现的电子金融业务，由于利润不菲，自出现后逐渐发展成为主要的金融业务品种。但是，信用卡业务与市场营销有紧密联系，持卡人和特约商家越多，发卡人的利润才越大，而经营多种金融业务的银行投入信用卡业务的财力和人力毕竟有限，因此专门从事信用卡业务的信用卡公司应运而生。世界著名的信用卡公司，如美国的VISA国际信用卡公司和Master国际信用卡公司，它们的业务范围遍及全球。
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