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信息系统软件运维专用工具主要包括版本控制工具、构建工具、部署工具、配置管理工具、系统监控工具等。
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没有版本控制系统的话，代码可能被别人或自己不小心覆盖或遗失、也不知道是谁因为什么原因改了这段代码、也没办法可以复原以前的修改。有了版本控制系统，开发人员只要将每次程式码的变更记录下来，并且透过版本控制系统中进行更新。我们可以浏览所有开发的历史纪录，掌握团队的开发进度，而且做任何修改都不再害怕，因为可以轻易地恢复之前正常的版本。我们也可以透过分支和标签的功能来进行软件发行的不同版本，例如稳定版本、维护版本和开发中版本。
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目前，主流的版本控制工具可以分为集中式的CVS、SVN，以及分布式的GIT、Mercurial等。
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构建工具是一个把源代码生成可执行应用程序的过程自动化的程序。构建包括编译、连接并将代码打包成可用的或可执行的形式。目前，主流的构建工具包括Ant、Gradle、maven等。
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在软件维护过程中，经常批量部署几十甚至上百台服务器时，实现自动化安装操作系统及其相关组件尤为重要。目前，常用的自动化批量安装工具包括Kickstart、Cobbler、OpenQRM等。自动化部署工具则旨在帮助用户完成应用的快速部署，按照用户指定的策略将软件部署在一组服务器上。目前，典型的自动化部署工具包括Capistrano、CodeDeploy等。
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随着虚拟化和云计算的发展，导致了企业内外需要加以管理的服务器数量大幅增长。配置管理工具主要用于配置和维护数十台、数百台、乃至数千台服务器。目前，主要的服务器配置管理工具包括Ansible、Chef、Puppet、SaltStack等。
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系统监控工具对信息系统软件的运行状态、配置参数，操作系统的CPU、内存、磁盘、网络状态等进行实时监控。目前，主要的监控工具包括Datadog、Graphite、Icinga、Nagios、AppDynamics、New Relic等。
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