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由于信息系统工程项目具有技术含量高、开发难度大、开发周期长、工作量大及投资高等特点，因此应特别注意保护信息技术成果的知识产权，对其实施全方位的综合性保护。将知识产权管理动态地纳入信息系统工程项目实施的全过程，并根据各个环节的不同特点分别提出相应要求。例如，在新技术的开发中重视技术秘密的管理，开发完成后应重视成果专利权的申请，而在命名新产品时应重视商标权的申请，从而全方位地保护知识产权。
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监理在整个项目的监理过程中，应切实有效地实施知识产权保护的监理措施，主要体现在以下几个方面。
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（1）指定专人负责信息系统工程项目的知识产权工作。在项目开发前，对项目所涉及到的知识产权状况进行调查分析，以确定开发路线和知识产权工作的重点，避免盲目开发和低水平重复。在项目开发过程中，随时跟踪该领域的知识产权动态，如发现原先拟定的技术目标已被申请知识产权保护，应当及时向相关决策部门提出报告，重新调整开发方案。
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（2）确定预期的知识产权成果内容及其归属。承建单位应当在项目建议书中明确该项目拟达到的知识产权目标，包括通过开发所能取得的知识产权类型、数量及其获得阶段。监理单位要及时提醒相关各方在相关合同中明确规定知识产权的归属，以避免产生不必要的纠纷。
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（3）明确制定相关的知识产权管理制度。管理制度应对项目开发中形成的资料、数据的保管和使用，专利申请、计算机软件登记及论文发表登记审查制度等相关问题做出明确的规定，使项目实施各阶段所产生的各种形式的知识产权成果能够及时有效地得到保护。管理制度还应明确知识产权及相关资源如何使用或共享，从制度上保护项目各方的知识产权。
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（4）对参与项目的人员进行知识产权培训。通过培训使相关人员就项目的知识产权归属、资料数据的保管与使用、技术秘密的保密义务等有明确的认识。培训的重要目标之一是使承建单位切实遵守知识产权保护的相关法律法规，确保在项目建设过程中坚决不使用盗版软件开发信息系统应用软件，也不在信息系统工程的实施中使用盗版软件。
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（5）处理好项目建设过程中与其他单位的知识产权关系。如果与第三方合作或向第三方分包，应明确与第三方的权利利益关系；拟购入技术的，应明确与技术转让方的权利利益关系；在外购软件订单之前，对采购软件的用户数、许可证数和软件升级年限做好事前检查，以维护项目各方的权利。
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