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在实施信息系统的安全保障系统时，应严格区分信息安全保障系统的3种不同架构，分别是MIS+S、S-MIS和S2-MIS。
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（1）MIS+S（Management Information System+Security）系统：为初级信息安全保障系统或基本信息安全保障系统，这种系统是初等的、简单的信息安全保障系统，该系统的特点是应用基本不变，硬件和系统软件通用，安全设备基本不带密码。
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（2）S-MIS（Security-Management Information System）系统：为标准信息安全保障系统，这种系统是建立在PKI/CA（Certificate Authority，认证中心）标准的信息安全保障系统，该系统的特点是硬件和系统软件通用；PKI/CA安全保障系统必须带密码；应用系统必须根本改变。
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（3）S2-MIS（Super Security-Management Information System）系统：为超安全的信息安全保障系统，这种系统是“绝对”安全的信息安全保障系统，不仅使用PKI/CA标准，同时硬件和系统软件都使用专用的安全产品。这种系统的特点是硬件和系统软件都专用；PKI/CA安全保障系统必须带密码；应用系统必须根本改变；主要的硬件和系统软件需要PKI/CA认证。
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