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信息系统工程是20世纪80年代出现的以建立信息系统为目标的新兴学科，主要研究各级各类信息系统建设和管理中的规律性问题。
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信息系统工程是用系统工程的原理、方法来指导信息系统建设与管理的一门工程技术学科。它是一个特定的工程类型，是工程的理论与方法在信息系统领域的应用。
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有关信息系统工程的确切含义，信息产业部2002年颁布的《信息系统工程监理暂行规定》特别明确了信息系统工程的概念。该规定指出信息系统工程是指信息化工程建设中的信息网络系统、信息资源系统和信息应用系统的新建、升级、改造工程。其中信息网络系统是指以信息技术为主要手段建立的信息处理、传输、交换和分发的计算机网络系统；信息资源系统是指以信息技术为主要手段建立的信息资源采集、存储、处理的资源系统；信息应用系统是指以信息技术为主要手段建立的各类业务管理的应用系统。
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作为系统工程的一个分支，信息系统工程具有系统工程的共同特点，其中，最基本的特点是研究方法的整体性、技术应用上的综合性和管理上的科学化。
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研究方法的整体性就是应用系统学中关于整体大于部分之和的思想，不仅把研究对象看成一个整体，而且，把研究过程也看成一个整体。把系统看成是由若干个子系统有机结合的整体来分析与设计。对各子系统的技术要求首先是从实现整个系统技术协调的观点来考虑，从总体协调的需求来制定方案。此外，还要求把所研究的系统放在更大的系统空间或系统环境中去，作为从属于更大系统的组成部分来考虑。对它的所有技术要求，都尽可能从实现与这个更大系统技术协调或适应系统环境的观点来考虑。
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技术应用上的综合性就是系统学中的最优化原则，综合应用各种学科和技术领域内所取得的成就，构筑合理的技术结构，使各种技术相互配合而达到系统整体的最优化。对信息系统而言，它是信息科学、系统科学、管理科学、计算机科学、控制理论及通信科学等各领域技术的综合体。对技术的使用来说，并非每个子系统或部件都要有更好的性能才能获得系统的最佳性能。只要技术结构合理，用廉价的一般部件也可能组合出系统的最佳性能。综合不是各种技术的堆砌，而是以最优化为原则，注重各种技术的协调和结构合理。
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管理上的科学化就是对工程进行科学管理。一个复杂的信息系统工程客观上总存在两个并行进程，一个是工程技术进程，另一个是对工程技术进程的管理控制进程。后者包括工程的规划、组织、控制、进度安排，对各种方案进行分析、比较和决策，评价选定方案的技术效果等。这些内容称为工程管理。管理的科学化是系统工程的关键。
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